科學家已經繪製了人類腸道、深海生態系統甚至是雲層中的微生物族群圖譜。然而，樹幹內的微生物群落至今仍未被發現。在《自然》雜誌最近的一項研究中，研究人員分析了大約150棵樹，繪製了16個物種的微生物群落圖。他們估計，一棵成熟樹木的樹幹「微生物組」中大約有1兆個細菌，不同的群落生活在不同的層次。
最有趣的是，在深層心材中發現了厭氧細菌（不消耗氧氣的細菌）會產生甲烷。 「事實證明，樹木內部的生物與我們在森林其他地方發現的生物截然不同，樹木內部的生物群落更類似濕地的生物群落。
長期以來，人們認為植物組織是無菌的。在20世紀初，當這一觀點被推翻時，研究人員主要關注根部，因為許多細菌和真菌參與了土壤中的養分循環。植物的枝條、樹幹和葉子中可能存在的任何生物都幾乎被忽視了。
為了探討樹幹中隱藏的生物群落，這篇論文在活樹幹上鑽孔，提取薄芯樣本，並立即用乾冰冷凍，以抑制微生物活動。之後，他們將芯材分離成邊材和心材（分別是樹幹的中間層和最內層），將冷凍的木材磨成粉末，並對每層中的細菌進行定序。為了研究活體微生物的活動，他們還密封了在樹上鑽孔，隨後測量了不同層釋放的甲烷和一氧化二氮等氣體。
研究發現，進化程度相近的樹木往往擁有相似的微生物群落。在樹幹深處發現了一個驚喜：“在較老的、內部的心材中，看到的微生物更像濕地裡的微生物——厭氧菌和甲烷產生菌，這些菌種適合在澇漬缺氧的環境中生存，外層的一些細菌可能會消耗部分甲烷，但這項研究表明，樹木內部產生甲烷和一氧化二氮的細菌仍然可能產生溫室氣體排放，應該將這些排放納入計算中。
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